La investigación histórica es una de las grandes líneas de actuación del Museo Zumalakarregi desde sus inicios. Un ejemplo es la compilación de trabajos publicados en el primer número de Estudios Históricos, la revista del Museo.
En el mismo sentido, se ha promocionado la investigación ofreciendo ayudas económicas. En las convocatorias participaron tanto especialistas como estudiantes. Los trabajos podían analizar cualquier apartado histórico siempre que estuviera relacionado con el ámbito de la crisis de la sociedad tradicional vasca entre 1808 y 1841.
Éstos son los ganadores de las convocatorias (1991-1998.)
1995
La Guerra de la Convención y la desarticulación social de Gipuzkoa. Juan Carlos Mora y David Zapirain.
1996
Guerra, tráfico marítimo y defensa costera: Euskal Herria (1789-1841). Francisco Manuel Vargas.
1997
Una aproximación al fenómeno de la enajenación de los comunales guipuzcoanos a principios del siglo XIX: Las uniones de Enirio-Aralar e Insusti (Gipuzkoa). Alfredo Moraza.
1998
Frantses okupazioa Gasteizko hirian independentzia gudan (1808-1814). Gorka Urtasun y Maider Gorostizaga.
2009 Departamento de Cultura y Euskera - Diputación
Foral de Gipuzkoa