Hija de Francisco I, rey de las Dos Sicilias, nació en Nápoles en 1806. Fue la cuarta esposa de su tío Fernando VII, al que por fin dio descendencia, su hija Isabel II, en 1830. La proclamación de la Pragmática Sanción que derogaba la ley Sálica que impedía reinar a las mujeres, desplazando al infante Don Carlos de su camino al trono, provocaría, tras la muerte del monarca, la Primera Guerra Carlista. Antes en 1832, María Cristina asumió las funciones de regente por enfermedad de su marido y concedió una amnistía que permitió a algunos liberales su regreso a España.
Tras la muerte de Fernando VII María Cristina, Reina Gobernadora, se apoyó en los liberales para defender los derechos de su hija al trono, frente a la sublevación de los seguidores de su cuñado Don Carlos .
Nombró presidente del gobierno al liberal moderado Martínez de la Rosa, que promulgó en abril de 1834 el Estatuto Real, lo que supuso la transición definitiva de la monarquía absoluta a la constitucional. Al año siguiente y como fruto de un movimiento revolucionario, María Cristina llamó a la presidencia del gobierno al progresista Mendizabal, que desarrolló la desamortización eclesiástica, con el fin de conseguir fondos para poder terminar con la guerra carlista.
En agosto de 1836, el motín de los sargentos de la Granja, obligó a la Regente a promulgar la Constitución de 1812, abriéndose un nuevo periodo constitucional que culminó con la Constitución progresista de 1837. Durante este periodo en el que sufría la presión de los liberales más exaltados, María Cristina inició unas negociaciones secretas con Don Carlos , que provocaron la salida de éste hacia la capital en la llamada Expedición Real. Para cuando los carlistas llegaron a las puertas de Madrid, se había producido un cambio político, que llevó a los moderados al poder e hizo cambiar la opinión de María Cristina, abandonando su proyecto de transacción con el Pretendiente.
En esta época María Cristina contrajo secretamente matrimonio con Fernando Muñoz, que le daría siete hijos y con el que vivió en sus años de exilio.
En agosto de 1839 Espartero y Maroto firmaron el Convenio de Bergara, paso decisivo para el fin de la Primera Guerra Carlista. Al año siguiente el enfrentamiento de la Reina Gobernadora con los progresistas le obligará a abandonar la regencia y a exiliarse, dejando el poder en manos de Espartero. Durante la regencia de éste, María Cristina alentó pronunciamientos moderados como el de Diego de León en 1841, que contó con el apoyo de las Diputaciones vascas, pero fracasó. Volvió a España tras la caída de Espartero en 1843 y coincidiendo con la proclamación de la mayoría de edad de su hija Isabel II.
Durante la década moderada (1844-54) influyó poderosamente en la política ganándose el odio de los progresistas. Fue expulsada de España tras el levantamiento que devolvió el poder a Espartero en 1854. Nunca abandonó la intriga política ni en España, a donde volvió en 1856, ni en el exilio, que volvió a sufrir tras la revolución de 1868.
Murió en Sainte Adresse, Francia, en 1878.